A la croisée de 3 plateaux, au confluent du Doubs et du Dessoubre, Saint Hippolyte doit sa naissance à la présence du sel et de son exploitation dès le XIIème siècle. Les puits à muire étaient situés sous la forteresse de la Roche, édifiée à l’entrée d’une cavité rocheuse servant d’abri aux habitants. L’édifice est rasé en 1675, date de la conquête française, mais des vestiges sont encore bien présents.
En 1298, Jean II de la Roche, sire de Châtillon, affranchit les habitants pour qu’ils se constituent en commune. En 1303 il fonde un chapitre de 8 chanoines, et fait construire l’église. Le clocher-porche de Notre-Dame est un élément des plus importants de la cité, avec ses parties du XIVème, et XVIème siècle, son bestiaire gothique, son toit à l’impériale du XVIIIème, la tombe de Richard de la Roche, fils de Jean II, mort en 1329, et même les 34 années du XVème siècle où l’on y exposa le saint suaire de Turin.
Les habitations peuvent être très hautes, certaines datant du XVIème siècle, dans la grande rue, et d’autres, plus anciennes, ont été reconstruites au gré de l’histoire, après des incendies, des conquêtes et divers drames. La place de l’hôtel de ville, la mairie du XIXème siècle, le presbytère, l’ancien cimetière et la place du chapitre jouxtent les anciennes maisons des chanoines. Le couvent des Ursulines (XVIIIème) est un pilier majeur de la structure du bourg.
Au sens figuré également, car à partir de 1618, en instruisant les filles, en formant des institutrices, elles perpétuèrent la tradition de l’enseignement, fort réputé dès 1350, en matière de langue et de poésies latines. De grands noms sortirent de ces écoles, mais aussi de l’école de peinture qui révéla par exemple Jacques Courtois, exposé dans de grands musées européens.
Entre montagnes et vallées, la ville organise foires, marchés et commerce du sel. C’est une place stratégique face au Pays de Montbéliard, indépendant jusqu’en 1793 ; puis à partir de 1886, la gare de marchandises participe à son essor. On pratiquait le flottage du bois sur le Doubs jusqu’à Besançon. Aujourd’hui les barrages sur le Doubs fournissent de l’électricité.
Pêcheurs et randonneurs trouveront toujours beaucoup de bonheur dans cette nature accidentée, entre la cité à 380 m d’altitude et les plateaux à 700 m.